جامع شرح بشر بافت virome در افراد سالم

تصویر: با استفاده از SHIROKANE یک سوپر کامپیوتر در IMSUT, گروه تحقیقاتی شناسایی 39 ویروسی گونه در 51 بافت

توسط MOHAMADREZASITE در 31 تیر 1399
IMAGE

تصویر: با استفاده از SHIROKANE یک سوپر کامپیوتر در IMSUT, گروه تحقیقاتی شناسایی 39 ویروسی گونه در 51 بافت از 547 افراد حداقل در یک بافت. نماینده ویروس شناسایی هستند... مشاهده بیشتر

اعتبار: ©کی ساتو

بشر مقیم میکروب می تواند تاثیر هر دو سلامت و بیماری است. بررسی میکروبیوم با استفاده از توالی نسل بعدی(*1) فناوری نشان داده است نمونه هایی از mutualism و درگیری بین میکروب و انسان است.

در مقایسه با باکتری های ویروسی جزء میکروبیوم (یعنی "virome") (*2) است understudied. جسمی بافت از افراد سالم معمولا غیر قابل دسترس برای virome شدند. بنابراین درک محدود از حضور و توزیع ویروس ها در بافت ها در افراد سالم و چگونه عفونت ویروس همکاران با انسان بيان ژن و perturbs ایمنی هموستاز.

یک گروه تحقیقاتی در موسسه علوم پزشکی دانشگاه توکیو (IMSUT) جامع توصیف "بافت انسانی virome اطلس" با استفاده از یک پایگاه داده.

"اطلس ما شرح داده شده خواهد بود مفید به آدرس در حال حاضر "hidden" انجمن بین انسان virome و بشر در سلامت و بیماری است. علاوه بر این, ما, تحلیلی خط لوله همه کاره است و در نتیجه قابل اجرا خواهد بود به انواع virological مطالعات از جمله زمان COVID-19 بیماری همه گیر.", گفت: رهبری دانشمند کی ساتو, دانشیار (محقق اصلی) در بخش سیستم های ویروس شناسی, گروه بیماری های عفونی کنترل IMSUT.

میکروبیوم در دوران توالی نسل بعدی (NGS)

پیشرفت در NGS روش در دهه های اخیر ساخته شده اند جامع نظرسنجی از انواع میکروارگانیسم ها ممکن است. Metagenomic تجزیه و تحلیل(*3) بررسی میکروارگانیسم ها از جمله باکتری فاژها و ویروس ها در انواع مختلف از مکان های روی زمین مانند اقیانوس ها و خاک. شاید بیشتر عمیقا مورد بررسی میکروبیوم است که از انسان است.

انسان میکروبیوم پروژه با هدف مشخص کردن باکتری ها و ویروس ها و دیگر میکروارگانیسم ها در بدن انسان است. به عنوان آنها اغلب در خارج از سلول های انسان انسان باکتریایی میکروبیوم شده است به خوبی شرح داده شده در چندین ارگان ها و نمونه ها از طریق غیر مخرب نمونه گیری: باکتری میکروبیوم پوست حفره دهان و دستگاه گوارش (از جمله مدفوع) به خوبی شرح داده شده است. موضوع عمده ای در حال ظهور از این مطالعات این است که در حالی که برخی از گونه های میکروبی در ارتباط با آسیب شناسی بسیاری از قطعات از میکروبیوم به احتمال زیاد بازی یک همزیستی و نقش مهمی در حفظ سلامت انسان است.

چه "virome"

بسیاری از ویروس ها به وضوح انسان پاتوژن ها: HIV, ویروس آنفلوانزا و یک رمان coronavirus (تعیین شده به عنوان SARS-CoV-2) در حال عوامل عفونی از بیماری های انسان. از سوی دیگر شبیه به صورت انسان باکتریایی میکروبیوم برخی از ویروس ها می تواند مزمن آلوده کردن طیف گسترده ای از بافت های انسانی بدون آشکار پاتولوژی. مطالعات قبلی نشان داده اند که این ویروس با این وجود اثرات مضر داشته باشند. به عنوان مثال ويروس سينسيشيال تنفسی انسان و انسان rhinoviruses ممکن است نقش مهمی در آغاز آسم و آسم آتوپیک بود.

از سوی دیگر وجود دارد چند نمونه از ویروس ها است که نمایشگاه اثرات محافظتی. برای مثال GB ویروس C عفونت می تواند محافظ در برابر عفونت HIV و بهبود بقا. در نتیجه عفونت ویروس همراه با چندین جنبه از سلامت انسان و بنابراین آشکار انسان "virome" خواهد بود مفید برای درک مخفی mutualism و/یا جنگ بین انسان ها و ویروس ها. مطالعات قبلی از انسان virome استفاده کرده اند نمونه است که نسبتا آسان برای دسترسی در افراد سالم (به عنوان مثال خون یا پوست).

به عبارت دیگر, آن است که از لحاظ فنی دشوار است برای به دست آوردن جسمی بافت از داخل بدن انسان (به عنوان مثال مغز و اندام های داخلی) از افراد سالم برای virome بررسی است. علاوه بر این, آن هنوز مشخص نیست 1) چه نوع از ویروس ها آلوده بافت های مختلف در افراد سالم و 2) چگونه این عفونت ویروس نفوذ انسان بيان ژن و آشفته هموستاز از این بافت ها.

"پنهان" virome در بدن انسان

به توصیف انسان virome در یک بافت خاص شیوه پژوهش انجام meta-transcriptomic تجزیه و تحلیل(*4) با استفاده از RNA-توالی مجموعه داده(*5) از ژنوتیپ-بافت بیان (GTEx) پروژه(*6) با SHIROKANE یک ابر رایانه در IMSUT. تجزیه و تحلیل آنها 8,991 RNA-توالی مجموعه اطلاعات به دست آمده از 51 جسمی بافت از 547 نفر و با موفقیت شناسایی 39 ویروسی گونه حداقل در یک بافت.

این گروه تحقیقاتی پس از آن بررسی ارتباط بين عفونت با ویروس انسان و بيان ژن و بیماری در انسان شروع. آنها شناسایی برخی از رود روابط; مثلا ويروس هپاتيت C در کبد به شدت با اینترفرون-تحریک ژن upregulation و یافته های پاتولوژیک هپاتیت مزمن. حضور ویروس هرپس سیمپلکس نوع 1 در یک موضوع را در مغز به شدت در ارتباط با ایمنی بیان ژن.

در حالی که گشتاور تنو ویروس شناسایی شد در طیف گسترده ای از بافت های انسانی آن را در ارتباط با اینترفرون پاسخ. بودن قابل توجه در پرتو ارتباط آن با lymphoproliferative اختلالات Epstein-Barr virus عفونت در طحال و خون همراه با افزایش در سلول های پلاسما در افراد سالم. هرپس هشت انسانی 7 بود که اغلب شناسایی شده در معده; intriguingly آن در ارتباط با تعداد لکوسیت انسانی در معده و همچنین دستگاه گوارش بیان ژن. علاوه بر این عفونت ویروس در بافت های محلی همراه بود با سیستمیک پاسخ ایمنی در گردش خون.

دانشیار ساتو با تاکید بر کار و اهمیت; "به دانش ما در این مطالعه اولین تحقیق جامع از انسان virome در انواع بافت ها در افراد سالم از طریق متا-transcriptomic تجزیه و تحلیل. تحقیقات بیشتر از انجمن ها در اینجا توضیح داده شده و استفاده از این تحلیلی خط لوله اضافی به مجموعه داده مفید خواهد بود به فاش کردن تاثیر عفونت های ویروسی در سلامت انسان" .

###

تحقیقات یادداشت

(*1) توالی

توالی نوکلئوتید تکنیک های. نسل بعدی ترتیب می تواند مورد استفاده قرار گیرد برای تعیین توالی نوکلئوتید اطلاعات به صورت موازی و با سرعت بالا.

(*2) Virome

این مجموعه از ویروس ها و بخشی از میکروبیوم.

(*3) تجزیه و تحلیل Metagenomic

یک روش جامع تجزیه و تحلیل DNA ژنومی در یک نمونه است. این است که عمدتا مورد استفاده برای بررسی جامعه میکروبی در نمونه.

(*4) متا-transcriptomic تجزیه و تحلیل

یک روش جامع برای تجزیه و تحلیل از RNA موجود در یک نمونه است. در این مطالعه پروفایل ژن انسان مشتق شده و ویروس مشتق توالی در RNA-seq تجزيه و جامع به دست آمده است.

(*5) RNA-توالی مجموعه

دنباله اطلاعات از RNA موجود در نمونه است. این است که عمدتا به دست آمده به منظور کمی بیان ژن (ریز نمرات). آن را نیز به نام transcriptome.

(*6) ژنوتیپ-بافت بیان (GTEx) پروژه

یک پروژه در حال انجام در ایالات متحده برای ساخت یک جامع منابع عمومی به مطالعه بافت خاص بيان ژن و مقررات.

در مورد تحقیق

Ryuichi Kumata, Jumpei Ito Kenta Takahashi, 日本版 سوزوکی کی ساتو,2020,"بافت سطح اطلس از انسان سالم virome"BMC Biology DOI: 10.1186/s12915-020-00785-5

مقالات

مقاله آدرس: https://bmcbiol.biomedcentral.com/fa / مقالات/10.1186/s12915-020-00785-5

بودجه

این مطالعه با هدف حمایت در بخش, توسط JST تاج (به کی ساتو) از جمله AIP چالش برنامه (به Ryuichi Kumata); AMED J-غرور JP19fm0208006 (به کی ساتو); JSPS علمی پژوهشی B JP18H02662 (به کی ساتو) تحقیقات علمی در ابتکاری مناطق JP16H06429 (به کی ساتو), JP16K21723 (به کی ساتو), JP17H05813 (به کی ساتو) و JP19H04826 (به کی ساتو), JSPS محقق PD JP19J01713 (به Jumpei Ito).



tinyurlis.gdclck.ruulvis.netshrtco.de
آخرین مطالب