ژنومی نظارت و مقاومت آنتی بيوتيکی در فیلیپین تاسیس

مقاومت آنتی بيوتيکی نظارت در فیلیپین نقل مکان کرد به ژنومی عصر را قادر می سازد ردیابی بهتر از باکتری های خطرناک. محققان در مرکز ژنومی پاتوژن نظارت (CGPS قرار دارد در ولکام موسسه سانگر و اطلاعات موسسه (BDI) (دانشگاه Oxford) و فیلیپین موسسه تحقیقات طب گرمسیری (RITM) راه اندازی محلی توالی DNA و تجزیه و تحلیل مواد مخدر مقاوم در برابر باکتری ها در فیلیپین. این ژنومی ظرفیت افزایش مداوم ملی کنترل عفونت از جمله ردیابی گسترش مقاومت به آخرین خط آنتی بیوتیک ها و شناسایی مواد مخدر مقاوم در برابر عفونت در یک بیمارستان نوزاد, واحد, کمک به کنترل شیوع.

گزارش در طبیعت ارتباطات این هفته این مطالعه نشان می دهد که قدرت های محلی توالی ژنومی در نظارت ملی شبکه های پایین و کشورهای با درآمد متوسط و می توان به مکان های دیگر برای مقابله با چالش های جهانی از مقاومت ضد میکروبی.

مقاومت ضد میکروبی (AMR) جهانی بهداشت مشکل مقاومت به آنتی بيوتيک های رايج در بر داشت در تمام مناطق جهان است. این به این معنی می توان آن را بسیار دشوار است برای درمان برخی از بیماری های باکتریایی مانند MRSA و سل و گانوریا و افزایش خطرات ناشی از هر گونه عمل جراحی است.

نظارت AMR مهم است به درک و سعی کنید برای متوقف کردن آن گسترش و توالی DNA می تواند با دقت اشاره کردن مقاومت و مکانیزم کشف انتقال الگوهای. اما ژنومی نظارت کمتر رایج است در پایین و کشورهای با درآمد متوسط (LMICs) هستند که پیش بینی می شود بیشتر تحت تاثیر قرار توسط AMR.

فیلیپین بسیار خوبی تاسیس مقاومت ضد میکروبی نظارت برنامه در فیلیپین وزارت بهداشت است که با استفاده از آزمایشگاه بر اساس روش به مسیر مقاومت ضد میکروبی. در سال 2018 به محققان کمک کرد راه اندازی یک توالی DNA تسهیلات در این برای ساخت ظرفیت های محلی برای ژنومی نظارت در فیلیپین*. این شامل ایجاد ظرفیت های محلی در ژنومیک و تفسیر داده ها به اشتراک گذاشته شده از طریق آموزش.

نمونه توالی از بیش از 20 سایت در سراسر فیلیپین با تمرکز بر باکتری های مقاوم به آخرین خط آنتی بیوتیک ها و ذکر شده توسط سازمان جهانی بهداشت به عنوان اولویت عوامل بیماری زا برای توسعه آنتی بیوتیک های جدید**. این تیم در مجموع تجزیه و تحلیل داده ها, ایجاد درختان فیلوژنتیک نشان داد که چگونه باکتری های مربوط به هر یک از دیگر و کشف چندین معرض خطر ازدیاد می گردد.

ترکیب ژنتیکی یافته با اپیدمیولوژیک داده های مجاز, محققان با دقت اشاره کردن گونه های در مکان های خاص است. در یکی از بیمارستان آنها شناسایی یک خوشه از همان گونه از carbapenem-مقاوم در برابر کلبسيلا پنومونيه در واحد مراقبتهای ویژه نوزادان و نشان داد که این شد حال گسترش در بیمارستان است. این شواهد فعال بیمارستان برای تقویت خود را کنترل عفونت تیم به کنترل بالقوه شیوع آینده.

دکتر سلیا کارلوس مشترک منجر شود این پروژه از موسسه تحقیقات طب گرمسیری, فیلیپین گفت: "در اینجا در فیلیپین ما بیش از 30 سال تجربه در حال توسعه روش آزمایشگاهی برای پیگیری AMR با ما مقاومت ضد میکروبی برنامه نظارت است. در حال حاضر مشغول به کار با شرکای خود در انگلستان تاسیس محلی ظرفیت و تخصص برای تعیین توالی کل ژنوم در فیلیپین اضافه کردن ژنومی نظارت به این روش های دیگر است. این است که کمک به ما برای شناسایی در حال ظهور سويه های مقاوم بسیار سریع تر, بنابراین ما می تواند درک آنچه اتفاق می افتد جلوگیری از انتقال AMR و صرفه جویی در زندگی می کند."

دکتر سیلویا Argimón اولین نویسنده در این مقاله از مرکز ژنومی پاتوژن و نظارت گفت: "این برنامه نه تنها کمک به تنظیم ژنومی زیرساخت در فیلیپین, اما همچنین امکان همکاری نزدیک بین دو تیم در انگلستان و فیلیپین. این شامل تبادل بازديد بین محققان و آموزش به انتقال مالکیت از توالی تجزیه و تحلیل و درک به تیم در فیلیپین و مطمئن است که هر کس درک غنی و چالش های نگهبان سایت."

ژنومی نظارت اجازه می دهد تا این تیم برای توصیف مواد مخدر-مقاوم در برابر باکتری ها در شرایط گونه که ژن فعال کردن مقاومت و چگونه این ژن ها در حال انتقال بین باکتری است. از طریق ژنتیک فیلیپین در حال حاضر بیشتر لنز در AMR در سطح محلی, ملی و بین المللی در مقیاس اجازه می دهد تجزیه و تحلیل داده ها در یک قبلا سطح دشوار. داده ها به اشتراک گذاشته شده با فیلیپین عمومی سازمان بهداشت و درمان و با این که برای اطلاع رسانی به هر دو محلی و درک جهانی از گسترش carbapenam مقاومت است.

پروفسور دیوید Aanensen مدیر مرکز ژنومی پاتوژن نظارت و مفاصل منجر شود در این پروژه گفت: "درک ملی پویایی در مقاومت ضد میکروبی مهم است که در هر کشوری در جهان برای جلوگیری از گسترش در سطح جهانی و تکنولوژی جدید و ابزار است که افزایش این ظرفیت مورد نیاز هستند. این کار توسط تیم فیلیپین برای ایجاد ژنتیک در عرض یک نظارت ملی شبکه یک نمونه برای تصویب است که می توان توسعه یافته برای مقابله با چالش های جهانی از مقاومت ضد میکروبی و یا عفونت های دیگر. "

###

تماس با ما:

دکتر سامانتا Wynne, رسانه افسر
خوش آمدید موسسه سانگر
خوش آمدید ژنوم پردیس
Hinxton کمبریج CB10 1SA, انگلستان
تلفن: +44 (0)1223 492368
ایمیل: press.office@sanger.ac.uk

یادداشت به ویراستاران:

* تعیین توالی کل ژنوم آغاز شده در مقاومت ضد میکروبی نظارت آزمایشگاه تحقیقاتی در سال 2018 با Illumina MiSeq تجهیزات موجود به صورت محلی. جدید اختصاص داده شده بیوانفورماتیک سرور شما نصب شده وجود دارد برای توالی ذخیره سازی داده ها و تجزیه و تحلیل. اشتراک گذاری داده ها از طریق وب تعاملی ابزار مانند Microreact (http://www.microreact.org) و Pathogenwatch (http://www.پاتوژن.سازمان دیده بان) کمک جمعی تفسیر داده ها.

** چه کسی لیستی از باکتری ها که جدید آنتی بیوتیک ها ضروری و مورد نیاز. https://www.که.int/اخبار-اتاق/جزئیات/27-02-2017-که-منتشر-list-of-باکتری-برای-که-جدید-آنتی بیوتیک-ها-به فوریت مورد نیاز

انتخاب وب سایت:

موسسه تحقیقات طب گرمسیری (RITM)

تاسیس در سال 1981 پژوهشکده طب گرمسیری (RITM) است که بازوی تحقیقاتی از فیلیپین وزارت بهداشت (DOH). این خانه را به 12 آزمایشگاه ملی مرجع (NRLs) برای انواع بیماری های عفونی است که با ارائه تخصص فنی در آزمایشگاه تشخیص و شناسایی عوامل عفونی در کشور برای نظارت شیوع تحقیقات و پژوهش است. RITM همچنین انجام آزمایش های بالینی فراهم می کند مراقبت های بالینی برای افراد مبتلا به ظهور و دوباره در حال ظهور عفونی و بیماریهای گرمسیری. http://ritm.gov.ph/

مرکز ژنومی پاتوژن نظارت

مرکز ژنومی پاتوژن نظارت ابتکار است بر روی داده های بزرگ موسسه در دانشگاه آکسفورد و ژنوم خوش آمدید پردیس متمرکز بر ژنومی اپیدمیولوژی آزمایشگاهی و مهندسی نرم افزار برای جهانی نظارت میکروبی پاتوژن. این مرکز به دنبال ارائه ژنومی و اپیدمیولوژیک داده های بزرگ و ابزار اجازه می دهد تا محققان و پزشکان و دولتها در سراسر جهان برای ردیابی و تجزیه و تحلیل گسترش پاتوژن ها و مقاومت ضد میکروبی. http://www.pathogensurveillance.خالص/

این NIHR بهداشت جهانی واحد تحقیقات ژنومی نظارت از مقاومت ضد میکروبی این NIHR بهداشت جهانی تحقیقات واحد در ژنومی نظارت AMR متمرکز بر ظرفیت سازی برای ژنومی نظارت در پایین و کشورهای با درآمد متوسط. ظرفیت در آزمایشگاه بیوانفورماتیک و مدیریت مالی در فیلیپین نیجریه کلمبیا و هند رانده است ملی واحد های مرتبط با شبکه و یا شرکت بیمارستان ها و آزمایشگاه ها. از طریق تعیین توالی در مقیاس بزرگ آموزش و تحویل از باز کردن دیتا از طریق وب سایت منابع داده ها در حال تولید می شود به درک ساختار جمعیت و نظارت از گونه مهم رانندگی و گسترش مقاومت ضد میکروبی. http://ghru.pathogensurveillance.net

بزرگ داده ها موسسه

بزرگ داده ها موسسه واقع در Li Ka Shing مرکز بهداشت انفورماتیک و کشف در دانشگاه آکسفورد. آن است که یک مرکز تحقیقات میان رشته ای است که با تمرکز بر تجزیه و تحلیل های پیچیده با مجموعه داده های پژوهش به علل و عواقب آن, پیشگیری و درمان بیماری است. تحقیقات انجام شده در زمینه هایی از قبیل ژنتیک جمعیت, سلامت, بیماری های عفونی نظارت و توسعه جدید روش تحلیلی. بزرگ داده ها موسسه حمایت مالی از شورای تحقیقات پزشکی بریتانیا تحقیقات مشارکت سرمایه گذاری صندوق موسسه ملی بهداشت و تحقیقات پزشکی آکسفورد و مرکز تحقیقات و بشردوستانه کمک های مالی از Li Ka Shing و رابرتسون پایه. اطلاعات بیشتر در دسترس هستند http://www.bdi.گاو نر.ac.انگلستان

ولکام موسسه سانگر

ولکام موسسه سانگر جهان پیشرو ژنومیک مرکز تحقیقات. ما متعهد به مقیاس بزرگ تحقیقاتی که اشکال پایه دانش در زیست شناسی و پزشکی است. ما باز و مشارکتی; ما داده, نتایج, ابزار و فن آوری های به اشتراک گذاشته شده در سراسر جهان برای پیشبرد علم. جاه طلبی ما گسترده است - ما را در پروژه ها هستند که ممکن است در هر نقطه دیگری است. ما با استفاده از قدرت از توالی ژنوم به درک و استفاده از اطلاعات در DNA است. بودجه خوش آمدید ما باید آزادی و حمایت از مرزهای ژنتیک. یافته های ما استفاده می شود به بهبود سلامت و به درک زندگی بر روی زمین است. پیدا کردن اطلاعات بیشتر در http://www.سانگر.ac.انگلستان و یا follow us on Twitter, Facebook, LinkedIn و در وبلاگ ما.

خوش آمدید

خوش آمدید وجود دارد به بهبود سلامت کمک به ایده های بزرگ برای رشد. ما حمایت از پژوهشگران ما را در چالش های بهداشتی ما, کمپین برای بهتر علم ما به کمک همه درگیر شدن با علوم و تحقیقات بهداشتی. ما از لحاظ سیاسی و از لحاظ مالی مستقل پایه و اساس است. http://www.خوش آمدید.ac.انگلستان