چگونه است که قبل از مطبوعات در مورد 'بیشتر مسری فشار' از coronavirus را در بررسی دقیق

در مارس 5, 2020, اخبار در مورد شکست یک گزارش بیشتر مسری نوع SARS-CoV-2--ویروس است که باعث COVID-19-بر اساس یک گزارش اولیه مقاله ارسال شده به preprint سرور bioRxiv. این preprint اظهار داشت که یک نوع از این ویروس با یک جهش خاص منجر به یک اسید آمینه تغییر D614G در آن سنبله پروتئین بود "بیشتر انتقال" از اشکال دیگر و به نمایندگی از یک "نگرانی فوری" برای مهار و واکسن توسعه است. اما در این روزها که به دنبال انتقاد از این اظهارات منتشر شده است. در جولای 2, مجله Cell منتشر شده تجدید نظر و کارشناسی نسخه از مقاله ای که ارائه می دهد اضافی تجربی و داده های بالینی در مورد D614G نوع نشان می دهد که آن را ممکن است بیشتر عفونی, اما آمده است که ما هنوز نمی توان خاصی در مورد اینکه آیا این نوع باعث می شود SARS-CoV-2 مطلب انتقال و یا منجر به بیماری شدید.

"ما می توانید ببینید در زمان اولیه ما قبل از مطبوعات و تسلیم که G614 نوع تبدیل شدن به فرم غالب در سطح جهانی اما ما نمی تواند تمایز بین سه گسترده ای از امکانات است که ممکن است توضیح دهد یک مزیت می گوید:" منجر نویسنده بت Korber یک آزمایشگاه همکار در آزمایشگاه ملی لوس آلاموس که تحقیقات قبلی به کار خود در COVID-19 متمرکز در جستجو برای یک واکسن اچ آی وی. "اضافه آزمایش در این مطالعه منتشر شده اشاره به افزایش عفونت با توجه به سنبله پروتئین تغییر به عنوان مورد علاقه فرضیه. اما infectiousness و توانايی انتقال همیشه مترادف و ما امیدواریم که دیگران را به مطالعه این ویروس در جزئیات بیشتر با نوع وحشی ویروس در عفونت تنظیمات و متنوع هدف قرار دادن سلول."

"این Korber et al. کاغذ اتحادش را تغییر بسیار قابل توجهی از آنچه من تو را دیدم خود را قبل از مطبوعات و می گوید:" ناتان Grubaugh یک virologist در دانشگاه ییل دانشکده بهداشت عمومی نه وابسته Korber تیم و سرب نویسنده یک پیش نمایش به بررس مقاله نیز منتشر شده در سلول. "در شرايط آزمايشگاهی داده های تقویت يافته های بالينی که هر دو نشان می دهد که ویروس ها حاوی D614G جهش ممکن است قادر به تکرار به سطوح بالاتر در سلول های انسان است. اما آنچه ما می توانیم بگویم این است که آن را بیشتر انتقال و یا منجر به بیماری شدید. اساسا ما نمی دانیم که اگر این اتحاد تا به حال هیچ تاثیر معنی دار در COVID-19 بیماری همه گیر."

در حالی که coronaviruses به طور کلی نرخ پایین از جهش Korber و همکاران او نگران بودند که حتی جهش کوچک به SARS-CoV-2 می تواند مانع از تلاش برای درک و مبارزه با ویروس. "ما می دانستیم که از ما تجربه مستقیم در زمینه HIV که در برخی موارد یک اسید آمینه تغییر می تواند عمده فنوتيپی تاثیر," او می گوید. که در پایان این تیم کار می کرد به منظور توسعه یک در دسترس عموم داده ها-تجزیه و تحلیل خط لوله است که می تواند معدن SARS-CoV-2 توالی در دسترس ساخته شده در طرح جهانی برای به اشتراک گذاری همه آنفلوانزا داده ها (GISAID) پایگاه داده به کمک دانشمندان کشف بالقوه جهش. آنها به سرعت شناسایی D614G نوع به عنوان چیزی است که به توجه به آن کلید اسید آمینه تغییر از آسپارتیک اسید (D) به گلیسین (G) رخ داده است در یک پروتئین است که بسیار مهم است چگونه به این ویروس سلول های انسانی--و آن را به سرعت در حال تبدیل شدن به غالب نسخه از این ویروس در سراسر جهان است.

این preprint از کاغذ متمرکز بر توسعه این ابزار و ارائه یک تحلیل جهانی شيوع G نوع از این ویروس است. این تجزیه و تحلیل نشان می دهد که G نوع در زمان بیش از تقریبا در همه جا از آن معرفی شد که این تیم استدلال معنای آن است که outcompeting D نوع: بهتر بود در پریدن از انسان به انسان است. انتقادات از preprint استدلال کرد که این نتیجه گیری بیش از حد نتایج حاصل از تجزیه و تحلیل است که قبل از مطبوعات و فاقد شواهد تجربی نشان می دهد که G نوع بهتر بود در آلوده کردن سلول های انسانی و نویسندگان نادیده گرفته بود توضیح احتمالی دیگر برای گسترش آن از جمله به عنوان بنیانگذار اثر آن يک جهش اتفاق می افتد به زمین در یک محیط مناسب تر برای آن تبدیل شدن به فرم غالب.

برای پرداختن به این نگرانی ها و کسانی که از همکار داوران محققان بیشتر تقسیم جغرافیایی خود را با تجزیه و تحلیل به منظور تغییرات در فرکانس D و G انواع در تمام مناطق در کشور و یا استان و شهرستان یا شهرستان سطوح. آنها اضافه شده در تاریخ اقامت در خانه سفارشات در مناطق مختلف به تجزیه و تحلیل خود را به نشان می دهد که G نوع اغلب در ادامه به بیش از یک منطقه حتی پس از سفر شد, محدود, محدود کردن امکان که آن را به سادگی بارها و بارها وارد شده است. نیز وجود دارد بیشتر داده های موجود: حدود 30,000 جهانی SAR-CoV-2 توالی به کار با زمانی که روی کاغذ قرار گرفتند تجدید نظر پس از بررسی دقیق به عنوان مخالف به حدود 6,000 در زمان قبل از مطبوعات ارسال شده بود. "ثروتمندتر مجموعه پشتیبانی اصلی ما مشاهدات و به ما اعتماد به نفس بیشتری در نتایج" Korber می گوید. "ما در حال حاضر نشان می دهد که تقریبا در هر مورد G614 افزایش یافته است. وجود دارد بسیار کمی استثنا به این طرح و مشخص ما دو نفر از آنها ایسلند و شهرستان سانتا کلارا در کالیفرنیا در جزئیات در این مقاله است."

محققان نیز قادر به دست آوردن اضافی داده های بالینی (آنها نگاه 999 نفر از پادشاهی متحده در مقایسه با 470 در preprint) نشان می دهد که بیماران مبتلا به G نوع از این ویروس تا به حال بالاتر از سطح RNA ویروسی است که گاهی اوقات در ارتباط با بالاتر بار ویروسی در بدن است. وجود دارد تفاوت در بستری نتایج برای بیماران مبتلا به یک نوع و در مقابل دیگر است.

شاید از همه مهمتر تجدید نظر کاغذ در حال حاضر شامل نتایج دو به طور مستقل انجام مجموعه ای از مطالعات تجربی برای ارزیابی عفونت G نوع بر اساس labs از اریکا Ollmann Saphire در لا جللا موسسه ایمونولوژی و دیوید Montefiori در دانشگاه دوک است. محققان مهندسی نسخه از این ویروس با گلایسین اسید آمینه جایگزینی و سپس تست چگونه به طور موثر آنها می تواند به آلوده کردن سلول های انسانی در یک ظرف. "ویروس ذرات حاوی G شکل سنبله در سطح آنها حدود 3 تا 6 برابر بیشتر عفونی می گوید:" Montefiori. "از آنجا که تنها تفاوت بین این دو مجموعه ذرات ویروس بود D در مقابل G در موقعیت 614 افزایش عفونت می تواند به طور مستقیم نسبت به D614G جهش." او توجه داشته باشید که محدودیت وجود دارد به این یافته ها: محققان نبودند قادر به استفاده از wild-نوع ویروس و نه مطالعه سیستم تنفسی سلول که SARS-CoV-2 به طور طبیعی هدف است. نیز وجود دارد دیگر عوامل درگیر در زندگی واقعی انتقال ویروس از فردی به فرد که ممکن است به خود اختصاص داده است. با وجود محدودیت های او می گوید: یافته های هیجان انگیز هستند زیرا "آنها ممکن بیولوژیکی توضیح برای گسترش سریع G شکل این ویروس در سراسر جهان است."

"به نظر می رسد که این یک مشخصه ویروس" موافق Saphire. آزمایشگاه او بود و همچنین قادر به نشان می دهد که آنتی بادی از شش نفر در منطقه سان Diego که در حال حاضر بهبود از COVID-19 شد فقط به عنوان موثر در خنثی سازی هر دو D و G انواع. او اشاره می کند که سن Diegans آلوده شدند در زمانی که هر دو D و G ویروس های منتشر شده پس از این تیم نمی تواند مطمئن باشد که نوع مردم با آلوده شدند اما یافته های خود را هنوز هم نشان می دهد که غلظت بالاتر از آنتی بادی مورد نیاز نیست برای خنثی کردن جدید ظاهرا "fitter" نوع با وجود بالاتر از سطح RNA ویروسی در آن تولید می شود. "این یک خبر خوب," او می گوید. "انسان نقاهت سرم می توانند در خنثی سازی ویروس جدید فقط به عنوان خوب و یا شاید فقط یک کمی بهتر است." این نتیجه نشان می دهد که برای این نوع خاص از درمان و واکسن در حال حاضر در حال توسعه-که در حال شدت متمرکز در سنبله پروتئین و اغلب بر اساس نسخه اصلی ویروس توالی در ووهان--هنوز هم می تواند فقط به عنوان موثر است.

Korber و همکاران او هنوز هم خوشحالم که در آنها نوشته شده قبل از مطبوعات و زمانی که آنها انجام داد. "ما به دقت وزن ما گزینه" Korber می گوید. "این تجربی سنجش نمی شد آسان برای توسعه و به نظر می رسید آنها هفته ها یا شاید ماه دور در زمان ما منتشر preprint--این ارزیابی معلوم شد درست است. به نظر می رسید مهم برای دریافت G614 نوع بلافاصله به صف برای مطالعه بیشتر و ما احساس می کنیم ما قبل از مطبوعات و تسریع تلاش ها برای فعال کردن مقایسه D614 و G614 سنبله انواع. ما و دیگران را در حال حاضر حل و فصل شده است که ظاهری تفاوت در عفونت بین دو نوع است و ما قادر به عضویت در یک تلاش مشترک به این منظور که فعال شد در بخشی از preprint."

"محاسباتی و تحلیل توالی تغییرات است که همیشه سریع تر از مرطوب آزمایشگاه آزمایش" Saphire می گوید. "اگر چه coronaviruses برخی از غلط گیری ظرفیت جهش می تواند ظهور و هوشیاری نظارت و ادامه داد: مطالعه از ویروس کلیدی خواهد بود برای تضمین این که داروهای آنتی بادی و دیگر مداخلات در حال توسعه موثر باقی می ماند. این دلیلی است که این خط لوله راه اندازی شد: برای شناسایی جهش های است که می تواند مهم در زمان مورد نیاز معرف رشد لازم ویروس ها و انجام آزمایش به درک اگر وجود دارد یک اثر است."

"گسترش جهانی از G614 چه از طریق انتخاب طبیعی یا شانس به این معنی است که این نوع در حال حاضر همه گیر" یادداشت Grubaugh در پیش نمایش. او استدلال می کند که برای عموم این نتایج واقعا تغییر زیادی. "جهش و تکامل طبیعی هستند بخش هایی از بیماری های همه گیر و ویروس ها که از ویروس," او می گوید. "برخی از این می تواند کمی تغییر چگونه یک ویروس 'رفتار' اما آنها سوئیچ است که می تواند یک ویروس به طور ناگهانی یک تهدید وجودی.

"در حالی که هنوز هم وجود دارد مهم مطالعات مورد نیاز به تعیین اگر این تاثیر دارو یا واکسن توسعه در هر راه ما انتظار نداریم که D614G ما را تغییر خواهد کرد اقدامات کنترل و یا فردی عفونت بدتر است." "این بیشتر از یک زنده نگاه به علم اتفاق می افتند: یک کشف جالب ساخته شده بود که به طور بالقوه لمس میلیون ها نفر از مردم, اما ما هنوز نمی دانیم دامنه کامل و یا ضربه. ما فقط یاد گرفته در مورد این ویروس حدود شش ماه پیش و ما یادگیری خیلی بیشتر در شش ماه آینده."

###

بودجه اطلاعات و گواهينامه ها در دسترس هستند در این مقاله است.

همراه, Korber et al.: "ردیابی تغییرات در SARS-CoV-2 سنبله: شواهدی وجود دارد که D614G افزایش عفونت از COVID-19 ویروس" https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(20)30820-5

همراه (@CellCellPress) گل سرسبد journal of Cell Press, یک دو ماهنامه مجله که منتشر یافته های غیر معمول اهمیت در هر منطقه از زیست شناسی تجربی از جمله اما نه محدود به زیست شناسی سلولی مولکولی, زیست شناسی, علوم اعصاب ايران ویروس شناسی و میکروب شناسی, سرطان, ژنتیک انسانی, سیستم, شناسی, سیگنالینگ و مکانیسم های بیماری و درمان. بازدید: http://www.همراه است.com/سلول. برای دریافت سلول مطبوعات و رسانه ها هشدار تماس press@cell.com.