PolyA-خیش ارزیابی اثر جایگزین polyadenylation بر بیان ژن

محققان با توجه به کشف ژن تنظیم در سلامتی و بیماری در انسان در حال گسترش افق دید خود را با دقت دنبال جایگزین polyadenylation (APA) یک زیر-جدولها مکانیزمی که تنظیم بیان ژن.

"APA است در مورد اصلاح یکی از به پایان می رسد, نام 3-نخست پایان (3?end) از RNA رشته که در حال رونویسی از DNA است. این تغییر شامل تغییر طول یک دم از adenosines یکی از RNA بلوک های ساختمان در 3?پایان قبل از RNA است که ترجمه به پروتئین" گفت: اول نویسنده دکتر هاری کریشنا Yalamanchili یک " null در آزمایشگاه دکتر Zhandong لیو در Baylor College of Medicine. "این آدنوزین زنجیره ای کمک می کند تا به تعیین چه مدت messenger RNA به طول می انجامد در سلول مؤثر چقدر پروتئین تولید شده از آن."

علاقه APA منجر به توسعه چندین 3? توالی (3?Seq) تکنیک اجازه می دهد که به صورت دقیق شناسایی در APA سایت بر روی RNA رشته. اما آنچه محققان در حال از دست رفته است قوی محاسباتی ابزار است که به طور خاص طراحی شده برای تجزیه و تحلیل ثروت از 3?Seq داده شده است که تولید شده است.

دیدار PolyA-miner

"تا به حال محققان شده اند با استفاده از سنتی توالی RNA محاسباتی ابزار برای تجزیه و تحلیل 3?Seq دهد. اگر چه این رویکرد به تولید نتایج آن را حداکثر رساندن پتانسیل مقدار از اطلاعات است که می تواند استخراج شده از داده ها" Yalamanchili گفت. "در اینجا ما یک ابزار محاسباتی است که دقیقا تجزیه و تحلیل 3?Seq داده است. ما آن را PolyA-خیش."

Yalamanchili و همکارانش با استفاده از جدید خود را محاسباتی ابزار برای تجزیه و تحلیل موجود 3?Seq دهد. PolyA-خیش نه تنها تکثیر این تحلیل زمانی با سنتی محاسباتی ابزار, اما همچنین شناسایی رمان APA سایت هایی که تشخیص داده نمی شدند با دیگر روش تحلیلی.

"ما شگفت زده شدند هنگامی که PolyA-خیش تحلیل یک glioblastoma همراه خط مجموعه شناسایی بیش از دو برابر تعداد ژن با APA تغییرات از ابتدا گزارش" Yalamanchili گفت.

"من فکر می کنم که هیجان انگیز ترین بخش از این ابزار جدید است که آن را قادر می سازد ما را به دقت منعکس کننده ژن-سطح 3? تغییرات و شناسایی بسیاری از APA حوادث از قبل. با تحلیلی دیگر رویکردهای ما دست کم گرفتن اثر و تعداد پلی adenylation حوادث" گفت: Liu دانشيار اطفال و مغز و اعصاب در بیلور و دی و دن دانکن عصبی موسسه تحقیقاتی در بیمارستان کودکان تگزاس.

فوری برنامه های کاربردی

این توسعه فوق العاده ای به مفاهیم اساسی تحقیق و به صورت بالقوه ترجمه از یافته های علمی به درمانگاه. APA در نظر گرفته شده است یک مکانیسم عمده برای RNA مقررات است که ارتباط قوی هر دو در سرطان و بیماری های عصبی. PolyA-معدنچی می تواند کمک به دانشمندان به دنبال شناسایی علل ژنتیکی این بیماری با تعیین اینکه آیا وجود دارد تفاوت در APA بین بیمار و سلول های طبیعی. با این تحلیل جدید دانشمندان می تواند نگاهی تازه موجود ژنومی داده است که ممکن است ارائه پاسخ به علت شرایط انسانی و همچنین مطالعه تازه توسعه دهد.

"قبلا مردم می دانستند در مورد APA تغییرات را در نظر آنها را به همکاران اصلی به ژن مقررات عمدتا از آنجا که ما فاقد ابزار محاسباتی برای تعیین APA کلی تاثیر بر بیان ژن" Yalamanchili گفت. "PolyA-خیش نشان داده است که APA به نظر می رسد به بازی در یک نقش بزرگتر در ژن تنظیم از ما قبلا فکر می کردم."

###

همکاران دیگر به این کار شامل Callison E. Alcott پینگ, Ji, Eric J. واگنر و هدی Y. Zoghbi. نویسندگان وابسته و یک یا بیشتر از موارد زیر موسسات: Baylor College of Medicine; Jan و دن دانکن عصبی موسسه تحقیقاتی در بیمارستان کودکان تگزاس; دانشگاه پزشکی تگزاس شعبه گلوستون; و Howard Hughes Medical Institute, هوستون.

حمایت مالی برای این پروژه ارائه شده توسط پیشگیری از سرطان موسسه تحقیقات تگزاس (RP170387), هوستون, موقوفه چائو وقف هافینگتون بنیاد Howard Hughes Medical Institute, توانیر Zoghbi جایزه پژوهشگر موسسه ملی اختلالات عصبی و سکته مغزی (F30NS095449) موسسه ملی علوم پزشکی عمومی [R01-GM134539) و موسسه ملی سرطان (R03-CA223893-01).

سلب مسئولیت: AAAS و EurekAlert! مسئول صحت اخبار منتشر شده به EurekAlert! با کمک موسسات و یا برای استفاده از هر گونه اطلاعات از طریق EurekAlert سیستم.