دانشمندان تولید اولین منبع باز همه اتم مدل تمام طول COVID-19 'S' پروتئین

ویروس سارس coronavirus 2 (SARS-CoV-2) علت شناخته شده از coronavirus بیماری 2019 (COVID-19). "سنبله" و یا S پروتئین تسهیل ویروسی ورود به سلول های میزبان است.

در حال حاضر یک گروه از محققان از دانشگاه ملی سئول در کره جنوبی, دانشگاه کمبریج در انگلستان و دانشگاه Lehigh در ایالات متحده آمریکا کار کرده اند با هم به تولید اولین منبع باز همه اتم, مدل های دیجیتالی S پروتئین است. محققان می گویند این است که از اهمیت ویژه ای چون S پروتئین نقش مرکزی در ویروسی ورود به سلول و آن را یک هدف اصلی برای واکسن و داروی ضد ویروسی توسعه است.

این جزئیات را می توان در مقاله "در حال توسعه به طور کامل گلیکوزیله تمام طول SARS-CoV-2 سنبله پروتئین در یک ویروسی غشاء و فرآیندهای غشایی" فقط آنلاین منتشر شده در مجله Physical Chemistry B.

این ویدئو نسخه ی نمایشی نشان می دهد که چگونه برای ساخت این سیستم غشاء و فرآیندهای خود را از SARS-CoV-2 S پروتئین ، مدل سازی برنامه باز است و دسترسی می توان از صفحه اصلی CHARMM-GUI با کلیک بر روی COVID-19 پاسخها لینک و یا با کلیک کردن بایگانی لینک در هدر و سپس COVID-19 پروتئین لینک در نوار کناری سمت چپ.

طراحی و توسعه توسط Wonpil Im استاد در دانشگاه Lehigh وزارت علوم زیستی و مهندسی زیستی بخش CHARMM-رابط کاربری گرافیکی (GUI = رابط کاربر گرافیکی) یک برنامه است که شبیه سازی های پیچیده biomolecular سیستم به سادگی با دقت و به سرعت. Im توصیف آن به عنوان یک "محاسباتی میکروسکوپ" است که دانشمندان را قادر می سازد به درک مولکولی-سطح تعاملات است که نمی توان مشاهده هر راه دیگر. اطلاعات بیشتر در مورد CHARMM-رابط کاربری گرافیکی را می توان در این ویدئو .

"مدل های ما هستند اول به طور کامل گلیکوزیله تمام طول SARS-CoV-2 سنبله (ع) پروتئین مدل های که در دسترس هستند به دیگر دانشمندان می گوید:" Im. "من خوش شانس بود به همکاری با دکتر Chaok Seok از دانشگاه ملی سئول در کره جنوبی و دکتر تریستان Croll از دانشگاه کمبریج در انگلستان تیم ما صرف روز و شب برای ساخت این مدل بسیار با دقت از شناخته شده cryo-EM ساختار بخش. مدل سازی بسیار چالش برانگیز بود چرا که وجود دارد بسیاری از مناطق که در آن مدلسازی ساده موفق به ارائه مدل های با کیفیت بالا."

دانشمندان می توانند با استفاده از این مدل به رفتار نوآورانه و رمان شبیه سازی تحقیق و پژوهش برای پیشگیری و درمان COVID-19 با توجه به Im.

S ساختار پروتئین مشخص شد با cryo-EM با RBD تا (PDB ID: 6VSB) و با RBD پایین (PDB ID: 6VXX). اما این مدل دارای بسیاری از دست رفته باقی مانده است. بنابراین آنها برای اولین بار مدل های گم شده اسید آمینه باقی مانده و پس از آن دیگر از دست رفته دامنه. علاوه بر این, آنها مدل تمام پتانسیل گلیکان (یا کربوهیدرات) متصل به پروتئین S. این گلیکان جلوگیری از تشخیص آنتی بادی است که باعث می شود آن را دشوار است به منظور توسعه یک واکسن. آنها نیز ساخته شده است ویروسی غشاء سیستم S پروتئین برای شبيه سازی ديناميک مولکولی.

###

سلب مسئولیت: AAAS و EurekAlert! مسئول صحت اخبار منتشر شده به EurekAlert! با کمک موسسات و یا برای استفاده از هر گونه اطلاعات از طریق EurekAlert سیستم.